يتميز معبد كوم أمبو بالعديد من العجائب التي تجعله محطة لا غنى عنها في رحلة استكشاف مصر القديمة، ويرتبط المعبد بعقائد مصر القديمة وتقاليدها من خلال تماثيل الآلهة التي تزينه، حيث يُعبد كان فيه الإلهان الهامان سوبك وهورس، فسوبك،هو إله النيل برأس التمساح، يُمثل القوة والحماية، بينما يُرتبط هورس، إله السماء برأس الصقر، بالحكم والنبوءة، يُعبد كل منهما في أجنحة منفصلة في المعبد، مما يبرز التناغم الديني الفريد للمكان.
تتميز هندسته بالعمق والتعقيد، حيث يتميز بالأروقة والقاعات والتفاصيل النحتية الدقيقة التي تعكس مهارة الحرفيين المصريين القدامى، كما يعكس المعبد أهمية النيل في حياة الشعب المصري القديم، حيث يُظهر تفاعله مع المياه والزراعة والحياة اليومية.
وبالإضافة إلى الأبعاد الدينية والهندسية، كان لمعبد كوم أمبو دور طبي مهم، حيث كان يُستخدم كمركز للعلاج وحفظ الأدوات الجراحية، ويعتقد أن العلاجات التي كانت تُقدم هناك كانت فعالة، خاصة في علاج عضات التماسيح.
